V první polovině 60. let bylo v Českých Budějovicích zřízeno detašované pracoviště pražského HMÚ zaměřené na operativní hydrologickou službu. Jeho úkolem byl každodenní sběr dat o stavu jihočeských řek, vytváření situačních hydrologických zpráv a rutinní předpovědi přítoku do vodního díla Orlík na Vltavě.

V roce 1980 byl změnou organizační struktury HMÚ položen základ pro vznik budoucí samostatné regionální pobočky ČHMÚ. Postupně začaly být z Prahy přebírány další pracovní agendy - hydrologické posudky, provozní ekonomika, zpracování klimatologických a fenologických pozorování, správa staniční sítě, meteorologické předpovědi, správa a údržba stovek objektů staniční sítě.

Součástí spravované staniční sítě byly i profesionální meteorologické stanice Churáňov a Kocelovice. V souvislosti s výstavbou jaderné elektrárny byla vybudována nová meteorologická observatoř v Temelíně. Koncem 80. let bylo na letišti v Hosíně zřízeno speciální letecké meteorologické pracoviště. Po revolučních událostech byly v roce 1990 profesionální stanice Churáňov, Kocelovice a Temelín zařazeny zpět do systému centrálního řízení z Prahy. Pracoviště letecké služby na Hosíně bylo zrušeno z důvodu ekonomických problémů zemědělského letectva.

Sídlo pobočky se několikrát změnilo, od pronajatých kanceláří v podniku Povodí Vltavy, přes pronájem v soukromém domě na Senovážném náměstí až po současný stav. kdy pobočka ČHMÚ sídlí ve vlastním objektu v ulici Antala Staška 32.

Adresa:

Antala Staška 32, 370 07  České Budějovice

Telefon:

+420 386 102 241